環保促進會採納三層組織架構：

• 由主席領導的執行委員會監督促進會的整體工作及進度。
• 咨詢委員會的職能是提供專業意見，以協助執行委員會制定政策。
• 行政部的職能與執行委員會相輔相成，負責執行日常行政工作及推行既定工作項目。
• 分科常務委員會為執行委員會轄下的工作小組，負責向委員會提供意見，以協助其制定政策及作出決定。